Quand le procureur du Roi estime qu’un mandat d’arrêt, une perquisition, des écoutes téléphoniques ou tout autre acte que la loi permet mais qui risque de restreindre une liberté sont nécessaires, il renvoie l’affaire au juge d’instruction. Celui-ci dirige alors l’enquête appelée « instruction judiciaire ». Seul un juge, ici le juge d’instruction, peut en effet ordonner, dans les limites de la loi, des démarches devoirs d’enquête, qui portent atteinte à la vie privée ou à tout autre liberté.

Le juge d’instruction doit mener son instruction « à charge et à décharge » c’est-à-dire qu’il doit rassembler un maximum d’informations concernant l’affaire. À lui à réunir aussi bien des éléments qui pourraient prouver la culpabilité du suspect que d’autres qui pourraient signifier qu’il n’est pas coupable.

L’instruction judiciaire n’est pas l’information judiciaire, qui est menée par le parquet .